Jedná sa o ľudský faktor a niekoľko ďalších vplyvov okolitého prostredia - predovšetkým klimatické podmienky (makroklíma, mezoklíma, topoklíma a mikroklíma), pôdne podmienky z pedologickej, geologickej, ale tiež agronomickej perspektívy a samozrejme mikrobióm, čiže zastúpenie jednotlivých mikroorganizmov. Pri výrobe vína začína poslanie mikroorganizmov už vo vinohrade, nakoľko mikrobióm Vitis vinifera dokáže ovplyvniť výslednú kvalitu hrozna, a teda aj vína. Azda najdôležitejšiu úlohu zohráva S. cerevisiae najmä vo fermentácii hroznového muštu. Počas anaeróbnej glykolýzy kvasinky produkujú okrem etanolu a oxidu uhličitého stovky minoritných metabolitov, ktoré ovplyvňujú výslednú kvalitu a originalitu vína. Záleží však od zvolenej fermentačnej stratégie v akom zastúpení a akých množstvách bude víno tieto aromaticky aktívne látky obsahovať. V procese výroby najmä červeného vína dôležitú úlohu zohrávajú aj baktérie. V ostatnom období sa čoraz častejšie diskutuje o nezastupiteľnom vplyve mikrobiómu pôdy, ktorý ovplyvňuje zdravotný stav rastlín, teda aj viniča. Pôdny mikrobióm, v ktorom prevládajú najmä baktérie, je zatiaľ málo prebádaný. Sledovanie vplyvu jednotlivých zložiek terroir je významný najmä v našich (slovenských) podmienkach, nakoľko najvyššia expresia terroiru sa dosahuje vo vinohradníckych oblastiach s chladnejším podnebím.

Diverzita kvasiniek bola zmapovaná vo vinohradníckych oblastiach v mnohých vinárskych veľmociach, ale taktiež v krajinách, kde vinárstvo nemá dlhú tradíciu. Okrem kvasiniek sú vo všetkých hroznových muštoch a vínach prítomné aj baktérie. Tie dokážu metabolizovať početné množstvo senzoricky aktívnych látok. Ich vplyv na kvalitu vína závisí nielen od environmentálnych faktorov pôsobiacich na bunkovej úrovni, ale aj od výberu najlepšie prispôsobených druhov a kmeňov baktérií. V ostatnom čase sa čoraz častejšie diskutuje o významnom vplyve pôdneho bakteriálneho spoločenstva na kvalitu hrozna a teda aj vína. Baktérie asociované s viničom môžu hrať špecifickú úlohu v produktivite a rezistencii hostiteľských rastlín voči chorobám. Pôda slúži ako kľúčový zdroj baktérií asociovaných s viničom. Edafické faktory a podmienky špecifické pre konkrétny vinohrad môžu ovplyvniť prirodzený mikrobióm viniča. Mikroorganizmy sú veľmi úspešnými obyvateľmi pôdy z dôvodu ich adaptability a plasticity na zvládanie nepriaznivých podmienok. Všeobecne sa predpokladá, že v mnohých ekosystémoch práve vysoká biodiverzita zvyšuje stabilitu a produktivitu a je regulovaná z hľadiska podnebia, vlastností pôdy a hospodárenia s pôdou. Keďže väčšina štúdií o biodiverzite a produktivite sa zameriava na rozmanitosť rastlín, tento vzťah si vyžaduje lepšie porozumenie v rámci mikrobiálnych populácií obývajúcich pôdu, pretože mikroorganizmy zohrávajú kľúčovú úlohu v mnohých kľúčových ekosystémových funkciách zapojených do úrodnosti pôdy. Zdravotný stav rastlín závisí od zastúpenia pôdnych mikroorganizmov, ktoré disponujú metabolickým mechanizmom na prístup k pôdnym živinám, ako sú dusík, fosfor a sírne zlúčeniny. Tieto sú pre nich zvyčajne biologicky minimálne dostupné. So stovkami až tisíckami taxónov na gram pôdy sa preukázalo, že funkčná redundancia v pôdnej mikrobiálnej komunite je vysoká. Takéto dôkazy sa považujú za vysoko relevantné na odôvodnenie dopadu klimatických zmien a antropických zásahov na pôdnu mikrobiálnu diverzitu a v dôsledku toho aj biogeochemických cyklov v pôde.

V období rokov 2019 – 2022 boli analyzované vzorky pôdy a rôznych častí viniča z rôznych lokalít. Pre mikrobiologickú analýzu bola použitá sekvenačná metóda MinION Nanopore 28S rRNA a 16S rRNA génov. Najväčšou výhodou tejto metódy je, že dokáže z malého množstva vzorky získať ucelené údaje o mikrobióme. Metóda tiež dokáže vo vzorke detegovať aj nekultivovateľné mikroorganizmy, ktoré doposiaľ tradičnými metódami identifikovať nebolo možné.

Vo všetkých vzorkách boli identifikované kvasinky aj baktérie. Na obrázku nižšie je porovnanie zastúpenia rodov jednotlivých baktérií vo vzorkách pôdy odobratých vo vinohradoch v Malokarpatskej vinohradníckej oblasti. Rody Bacillus a Nitrospira sú bežnou pôdnou mikroflórou, variabilita zastúpenia jednotlivých rodov súvisí s ročným obdobím, kedy boli vzorky odobraté. Vo vzorkách hrozna bolo zastúpenie jednotlivých baktérií významne odlišné od pôdnych vzoriek, dominantné boli najmä rody Gluconobacter a Acetobacter. Kompletné výsledky nájdete na webstránke projektu www.climvino.eu.